Mestské zastupiteľstvo v zmysle zákona č. 369/1990 Zb. o obecnom zriadení v znení neskorších predpisov zasadá podľa potreby, najmenej však raz za tri mesiace. Zasadnutia mestského zastupiteľstva sú spravidla vo štvrtok. Zasadnutia zvoláva a vedie primátor, za určitých okolností poverený poslanec MsZ. Rokovanie je zásadne verejné a koná sa v Kultúrnom dome v Stupave prípadne na Mestskom úrade v Stupave. Na rokovaní môže verejne vystúpiť ktorýkoľvek obyvateľ Stupavy so svojím podnetom, návrhom alebo sťažnosťou.
Mestské zastupiteľstvo je spôsobilé rokovať a uznášať sa, ak je prítomná nadpolovičná väčšina všetkých poslancov, t. j. aspoň deväť.
Z celého radu otázok, o ktorých rozhoduje mestské zastupiteľstvo, patria medzi najdôležitejšie:
prijímanie všeobecne záväzných nariadení mesta;
určovanie zásad hospodárenia s majetkom mesta, to znamená akékoľvek predaje, kúpy, alebo prenájmy mestského majetku;
